中藥微粉機可以有效的將中藥打碎并且不會破壞藥效，但是每種藥材的藥效不同，一種藥材粉碎結束后，需要清洗之后才可以進行下一種藥材的破碎，那么該設備要如何清洗呢？
　　1、清洗機的清洗：將清洗機內注滿水和洗滌劑，然后將需要清潔的部件放入其中。清洗機運行時里面的水流會產生強大的流動力，使得粉碎機內的污垢大量脫落且由于水的快速流動而不易再次附著，效果是非常理想的。清洗干凈后一定要做好之后的干燥工作，以免因為水分殘留而導致不必要的損失。
　　2、其他研磨部分的清洗：主要是對螺旋蓋和外部部件的清洗，這些地方都可以用毛刷輕輕刷干凈，必要時用水或清潔劑來清潔。小型中藥微粉機可以將刷子浸濕，然后刷洗設備的表面與內部，然后用清水沖洗粉碎機，避免已經脫落的污垢再次附著。
　　3、粉碎機機艙的清洗：粉碎機機艙也就是我們所說的“粉碎倉”，物品的粉碎大都在粉碎倉里進行，所以是重點的清洗部位。粉碎倉與電機的主要固定部位在機艙內部的“刀頭”位置，刀頭由一個不銹鋼螺絲固定，只要用扳手把這里的螺絲松開，把刀片拿下來，就可以實現機艙和電機的分離，但分離的時候要注意把連接線拔下來。清洗中藥微粉機的時候盡量用清水，不要用其它清洗劑，如果一定要用的話，可用洗潔精清洗，洗完后用干抹布擦干。